罗马在非洲的领土主要由阿非利加和毛里塔尼亚王国组成。阿非利加是自公元前二世纪罗马对迦太基的征服而并入帝国，而毛里塔尼亚则大部分时间都是以附庸王国的地位而存在。阿非利加因经济富裕，又是罗马的行省，所以有大量意大利移民和元老投资。奥古斯都在划分元老院行省和元首行省的时候，阿非利加被分给元老院管理。而且阿非利加还是元老院行省中极少数仍然保留军团的行省，因此对于元老院来说它的地位相当重要。而毛里塔尼亚在最后一任国王博胡斯于公元前33年去世后，其王国就被罗马实际统治了。罗马对这两个地区的处理方式并不一样。卡利古拉上台之后对这两个地区做了大程度的改变，加强了元首在这两个地区的权利。
一、对阿非利加的“夺权”
在奥古斯都时期阿非利加的经济异常繁荣，强大的农业财富使得它在帝国的经济地位显得十分重要。很多元老院贵族都在阿非利加有大量投资，据老普林尼记载：“据说六个地主占有了半个行省的土地。”同时，农业经济的不断发展，导致阿非利加的南部边界不断向南推进，而居住在南部的游牧民族的生存空间不断被挤压，因此此地又有潜在的军事威胁。驻扎在阿马达拉的一个军团是阿非利加的军事倚仗，但是军团直接听命于行省总督而不是元首。阿非利加的总督同时控制着一个经济强省和一个军团，而且总督的任命是由元老院负责的，这就决定了元首不能直接干涉阿非利加的事务，如果阿非利加落到别有用心的人手中，那么对于元首和国家而言都会是一场灾难。所以卡利古拉对于阿非利加的改变很有必要。
塔西佗记载时任阿非利加的总督是卡利古拉岳父希拉努斯。他在《历史》中记载公元69年非洲的总督被军团的长官谋杀时解释到，当希拉努斯在任总督的时候卡利古拉把军团从他手里拿走。而迪奥记载的却是路奇乌斯·皮索，他是日耳曼尼库斯的头号政敌格涅乌斯·皮索的儿子。无论阿非利加总督是他们中的任何一个，他们都有足够的理由来抵制卡利古拉。格涅乌斯·皮索是谣言中害死日耳曼尼库斯的人，现在日耳曼尼库斯的儿子当上了元首，那么路奇乌斯·皮索自然会担心卡利古拉报复他。
希拉努斯是元老院势力的代表，卡利古拉对元老院多次打击，同样也很难获得他的支持，并且他与卡利古拉的关系也因为卡利古拉与他女儿婚姻的终止而中断。因此，无论时任的总督是希拉努斯还是皮索，对卡利古拉而言都是危险的人物。阿非利加的重要战略地位和军事地位以及总督与元首的不和，使得卡利古拉有足够的理由来干涉。
根据迪奥的记载卡利古拉在非洲任命一位元首代表，将非洲一分为二。让元首代表接管军队，这样就使得总督失去了军队的控制权，元老院也失去了最后一个军团。这一安排一直持续到迪奥所在的时期。从出土的韦帕芗时期道路里程碑上的铭文来看，绝大部分里程碑上面刻的都是元首代表的名字。这反映出元首代表的权力越来越大，而行省总督则越来越失去主动权。
塔西佗对这一安排不满，认为这会造成行省总督和元首代表之间权力分配不均，他在解释公元69年大灾难的时候就认为是共同指挥造成困扰的局面。但其实总督和元首代表的权力划分应该是明确的，他们之间不仅仅是权力的划分，其实还有领土的划分。总督管辖的是迦太基附近的地区，而元首代表接管的是部分努米底亚附近不太稳定的地区。这种划分可能不是一蹴而就的，有证据表明在锡尔塔发现了公元41-43年的阿非利加总督昆图斯·马克库斯·巴里亚为李维娅奉献了牺牲，而锡尔塔按理说是属于元首代表的管理区域。
而且根据后来伽尔巴就任阿非利加总督的时候就曾奉命带领军队处理纷争，以及从哈德良对士兵的演讲中可知一部分人可以脱离军团在总督的领导下作战。现代学者大部分都认为这一安排是必要的，其中以巴雷特为代表的部分人更是认为这是明智的，是根据背景变化的正确判断。威金森认为这一行为限制了元老院对于军事的干涉，同时是创造努米底亚的第一步，为二世纪北非的文化繁荣了奠定基础。
二、对毛里塔尼亚的合与分
毛里塔尼亚在阿非利加的西部，在公元前33年，其最后一个国王博胡斯去世的时候，他的王国已经被罗马实际控制。后来奥古斯都在毛里塔尼亚建立了至少12个殖民地，罗马对它的影响更加强大，到公元前25年的时候它在实际上已经变成罗马的附庸王国。其国王朱巴二世在孩提时代就被恺撒带到了罗马，并在奥古斯都家里长大。他是一个受过希腊教育的统治者，因此他娶了安东尼与克里奥帕特拉的女儿塞勒涅，他们一起建立起希腊式宫廷。
朱巴二世的儿子是托勒密，后来成为朱巴二世的，最终于公元23年成功继承王位。朱巴二世和托勒密不精于治国理政，因此在托勒密继位一年后国内爆发了著名的塔克法利纳斯领导的起义，托勒密不能镇压起义，最终还是靠罗马人帮他解决问题。甚至在镇压这次起义中，托勒密对国家造成的消极伤害远比他起的积极作用多。大概在公元40年，托勒密被卡利古拉召回罗马后即被处死，他的王国在他被处死后就被并入到了罗马。
至于托勒密被处死的原因众说纷纭。苏维托尼乌斯记载卡利古拉把托勒密邀请到罗马，并赐予他荣誉，但是很快就把他处死了，原因仅仅是因为卡利古拉在参观展演时注意到了盛装登场的托勒密引起很多人